ImageJ – ένα λογισμικό για να αναλύσει και να επεξεργαστεί τα αρχεία εικόνας. Το λογισμικό είναι σε θέση να αναλύσει αποτελεσματικά την εικόνα και να λάβει τα λεπτομερή τεχνικά στοιχεία. ImageJ υποστηρίζει τις περισσότερες από τις μορφές εικόνας και έχει μια σειρά από εργαλεία επεξεργασίας. Το λογισμικό δίνει τη δυνατότητα να παράγουν τα διάφορα γεωμετρικά μετασχηματισμούς, δημιουργούν τις ιστογράμματα πυκνότητα, τη διεξαγωγή 3D απεικόνιση, εκτελεί τις λογικές και αριθμητικές πράξεις μεταξύ των εικόνων, κλπ ImageJ είναι σε θέση να λειτουργούν ταυτόχρονα με πολλαπλές εικόνες, ισχύουν τα διάφορα φίλτρα και διεξάγει την επεξεργασία παρτίδα αρχεία. ImageJ περιέχει πολλά plagins που επεκτείνει σημαντικά τις δυνατότητες του λογισμικού.